Sekola Tinggi Agama Islam Al-Muntahy berdiri pada tahun 2022 dengan Surat Keputusan Menteri Agama (KMA) Republik Indonesia Nomor 1467 tahun 2022 tertanggal 21 Desember 2022. STAI Al-Muntahy berada di bawah naungan Yayasan Al-Muntahy. STAI Al-Muntahy atau disingkat STAIMUN merupakan salah satu perguruan tinggi swasta berbasis pesantren yang ada di Jl. K.H. Muntaha Desa Kembang Jeruk Banyuates Sampang yang berafiliasi dengan Nahdlatul Ulama (NU). Memiliki dua program studi. Ekonomi Syariah (ES) dan Mananjemen Pendidikan Islam (MPI).

Sejarah berdirinya STAIMUN diprakarsai oleh K.H. Abdul Mannan Muntaha. Beliau memiliki inisiatif mendirikan perguruan tinggi agar santri yang telah tamat dari bangku Madrasah Aliyah dan Sekolah Menengah Atas dapat melanjutkan Pendidikan tinggi. Atas dasar pemikiran tersebut Yayasan Al-Muntahy mulai melakukan kerja sama dengan berbagai kampus.

Tahun 2013, Pengurus Yayasan melakukan pengurusan izin pendirian kampus namun, kandas di tengah jalan. Tahun 2015 kembali mengurus izin pendirian kampus, tetapi belum menemukan hasil. Ikhtiar mendirikan perguruan tinggi sendiri tidaklah berhenti sampai di situ, tepatnya tahun 2021 berangkat dari inisiatif salah satu tokoh dan pengurus Yayasan sehingga membentuk Tim 9 untuk mengurus izin pendirian perguruan tinggi ke sekian kalinya dan alhamdulillah atas takdir Allah SWT terbitlah izin pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Al-Muntahy.

Sehubungan dengan keluarnya izin di akhir tahun maka STAI Al-Muntahy membuka pendaftaran dan memulai perkuliahan tahun berikutnya 2023 di bulan September dengan menerima mahasiswa sebanyak 96 orang dari prodi Ekonomi Syariah dan Manajemen Pendidikan Islam.